Straumareiknirit fyrir heilraðgreiningu erfðamengja

Tækni til háhraðaraðgreiningar á erfðaefni hefur gjörbylt erfðamengjafræði. Sú tækni sem er í notkun í dag er frekar hagkvæm í rekstri en byggir á að öll gögn séu geymd á diski og unnið úr þeim að lokinni greiningu.

Framtíð raðgreiningar mun krefjast tækni og reiknirita þar sem unnið úr DNA röðum jafnóðum og þær berast úr raðgreinininum, án þess að milliniðurstöður, s.s. stuttar raðir, séu geymdar.

Við leggjum til að þróa straumareiknirit og opinn hugbúnað sem getur unnið með þessa framtíðartækni. Við munum skoða heilraðgreiningu erfðamengja úr stuttum DNA röðum, sem fyrsta verkefni.

Eðli straumareikniritsins þýðir að minnisnotkun vex línulega með stærð úttaks, þ.e. erfðamengisins, en hægar en línulega með stærð inntaks. Það gagnamagn sem þarf að geyma og minnisnotkun reiknirita eru helstu flöskuhálsar í heilraðgreiningu erfðamengja.

Þróun slíks reiknirits mun nýtast beint, jafnvel með þeirri tækni sem nú tíðkast, og mun þar að auki gera okkur kleift að vinna með mun stærri gagnamengi.